보건복지부에서 2006년도 전국 118개 중소병원(260)병상 미만)을 대상으로 실시한 의료기관 평가에서 서산의료원이 우수의료기관으로 선정되었다.

12개부분을 대상으로 실시한 평가에서 서산의료원은 진료체계, 질향상체계, 중환자, 의무기록, 검사, 약제분야 등에서 최고등급을 받아 종합평가에서 우수한 의료기관으로 선정되었다.

그 동안 지역거점 공공의료기관인 서산의료원이 지역주민의 보건향상에 노력을 기울인 결과 이 같은 평가를 받게 되었다. 이번결과는 우수한 의료기관만 공개되었고 하위권 의료기관은 공개되지 않았다.

충청남도 의료기관중에는 서산의료원을 비롯, 공주의료원, 홍성의료원과 보령아산병원 등 4개의료기관이 상위 우수병원에 평가되었으며 특히 충청남도 4개의료원중 3개의료원이 상위원에 포진하였다.

의료기관평가란 의료서비스 수준평가를 통해 서비스 수준의 향상을 도모하고 평가 결과를 공표하므로서 소비자인 국민의 알 권리 증진에 기여하는데 목적이 있으며, 500병상이상 병원은 2004년도에 260~500병상병원은 2005년도에, 260병상미만은 2006년에 처음 평가를 도입하여 실시하였으며 향후 3년 주기로 계속 할 계획이며 평가기준은 아래표에 의거 실시하며 공정성을 유지하기 위해서 평가방식은 현지평가(현장조사, 환자직접면담조사 및 설문조사 포함) 및 서면평가를 실시하였으며 평가등급은 A(우수:90점 이상), B(양호:70~90점 미만), C(보통:50~70점미만), D(미흡:50점미만)로 구분해서 평가한다.